12-14世紀

重源上人
到了平安時代,雖然較早就發現了大佛背部有損傷,並為了阻止大佛的傾斜而進行在其背後堆土等修補工作;但是齊衡二年(855),大佛的頭部還是因大地震而掉落,而後進行了修復。另一方面,包括大佛殿在內的諸伽藍也有不少因天災或失火等原因而被迫重修。
為了獲得維持這些修復事業、以寺院原來的教學活動的經濟來源,當時寺院還經營了莊園;可是到了平安末期,東大寺卻為了這莊園而同平家一門發生糾紛,並因此在治承四年(1180)被平重衡的軍隊一把火燒掉了大半伽藍。

為東大寺的復興營造做出巨大貢獻的是重源上人。重源上人自從養和元年(1181)以六十一歲高齡擔任勸進職位以後,受到了後白河法皇和源賴朝的支助,將其二十餘年的後半生全部奉獻給了復興事業。

首先得到的是宋朝的鑄造師陳和卿的幫助,補鑄了大佛的頭部和左手等,文治元年(1185)舉行了開眼供養儀式。接著,雖然人們還得為確保重建大佛殿所需材料而擔憂,建造事業卻從周防國和備前國任職於東大寺造營所開始突飛猛進,建久六年(1195)舉行了落成慶祝供養會。緊接著於翌年,大佛殿兩側的侍和四天王像建成,前後據說僅花費了半年時間。之後,境內的諸伽藍一個接一個地重建,迎來了鎌倉時代的繁盛期。