12-14ème siècle
Dès le début de l’époque de Heian, des fissures apparurent dans le dos du Grand Bouddha. Il fallut par ailleurs étayer la statue à l’aide de monticules de terre pour corriger son inclinaison vers l’arrière. En 855, la tête du Bouddha tomba au cours d’un violent tremblement de terre, et dut être restaurée.
En outre, le Daibutsu-den lui-même et les autres édifices du temple devaient périodiquement être réparés à la suite d’incendies ou de catastrophes naturelles. Pour réunir les fonds nécessaires à ces travaux et aussi à l’étude de la doctrine bouddique, le Tôdai-ji gérait des domaines privés (shô-en) dans toutes les provinces. En 1180, à la suite d’un conflit survenu entre le Tôdai-ji et le puissant clan des Taira à propos de ces domaines, les troupes de Taira no Shigehira mirent le feu au monastère, dont la majeure partie fut réduite en cendres.
C’est le moine Chôgen qui contribua le plus activement à la reconstruction du Tôdai-ji. Chargé dès 1181 de collecter des fonds pour les travaux, il consacra les vingt années qui suivirent à cette entreprise de restauration, obtenant l’aide financière de l’Empereur retiré Go-Shirakawa et du shôgun Minamoto no Yoritomo.
Chôgen, louant les services d’un fondeur chinois, Chen He Qing, lui fit réparer en premier lieu la tête et la main gauche du Grand Bouddha qui, restauré, put être reconsacré dès 1185. Puis il s’attela à la reconstruction du Daibutsu-den lui-même. Les travaux, d’abord retardés par des difficultés à se procurer le bois de construction nécessaire, progressèrent ensuite rapidement quand ce problème de matériaux fut réglé. La cérémonie d’inauguration du Daibutsu-den eut lieu en 1195. Une fois les autres édifices reconstruits, le temple connut durant l’époque de Kamakura une grande prospérité.